El parque considerado el Jardín Botánico de América, está situado en el territorio donde se sobreponen los centros de endemismo de los Andes del Norte y Tumbes. En el área se calcula existen entre 3.000 y 4.000 especies de plantas vasculares, entre las que se destaca: el romerillo (Podocarpus) y la cascarilla (Cinchona).
Existen diferencias puntuales entre la vegetación de los páramos de la zona y del norte del país, basicamente porque se encuentran más bajos, en las crestas de las montañas y en la zona de transición de un verdadero páramo que no se desarrolla a plenitud, debido a la poca elevación del terreno. Entre las principales especies encontradas en la región están la chilca, laurel, aguacolla, ubilla, sauco negro, pumamaqui, sapán, arrayán, cashoco, aliso, acacia, salvia, guato blanco, cedro, higuerilla, nogal, yumbique y canelón.Las bromelias, helechos y orquídeas constituyen una parte de la enorme diversidad de especies que tiene el bosque, algunas son endémicas o nuevas para la ciencia
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